云南省搬迁安置办公室由原省土地管理局内设正处级机构发展而来，机构编制经历次调整，不断充实完善、发展壮大。

——2002年9月，省人民政府批准成立“云南省移民开发局”，内设4个职能处。

——2004年8月，省人民政府批准把省移民开发局调整为省人民政府直属副厅级事业单位，实行独立的人事和财务管理，内设4个职能处室。

——2006年8月，省委批准把省移民开发局机构升格为省人民政府正厅级直属事业单位，内设7个处室。

——2007年4月，省人事厅明确云南省移民开发局为参照公务员法管理的单位。

——2018年10月，省移民开发局交由省发展和改革委员会管理，更名为云南省搬迁安置办公室(加挂云南省人民政府移民搬迁办公室牌子)，机构规格由正厅级调整为副厅级。内设9个职能处和机关党委。

——2020年8月，省委组织部明确云南省搬迁安置办公室为省级参照公务员法管理的单位。